Biopotraviny možná v budoucnu budou moci obsahovat zbytky zakázaných látek, jako jsou pesticidy nebo hnojiva. Dnes zemědělec automaticky přijde o bio označení, pokud kontrola v jeho produktech takové látky najde. Ministři zemědělství zemí Evropské unie se ale v Lucemburku dohodli, že farmář o označení přijde jen v tom případě, že podobné látky použil úmyslně.