Resortní výzkumné ústavy, které spadají pod ministerstva a kraje, mají zatím nejistou budoucnost. Stát by chtěl tyto organizace, které radí ministerským úředníkům a firmám v odborných tématech, výrazně proměnit. Badatelé by už nemuseli pracovat jen pod hlavičkou resortů, ale mohli by být součástí vysokých škol nebo Akademie věd. Zatímco vláda by už v květnu měla projednat první změny zákonů pro nové fungování ústavů, vědecké instituce změny nechtějí.