Geneticky chudí hřebci
Zdomácnění připravilo hřebce o genetickou rozmanitost. Dokazuje to zkoumání DNA domestikovaných koní i jejich divokých předků.
Genetika moderních koňských plemen je v jedné věci zvláštní. Zatímco klisny mají vysokou úroveň genetické diverzity, u hřebců je extrémně nízká. Jedna hypotéza říká, že nízká diverzita samčího Y chromozomu je dědictvím po divokých předcích, kteří žili v harémech a šanci rozmnožit se mělo jen pár vyvolených hřebců. Vědci z Yorské univerzity ji však odmítají s tím, že genetická diverzita Y chromozomu u dávných divokých koní je vysoká.
DNA Y chromozomu osekvenovali u moderních plemen stejně jako u jednoho domestikovaného hřebce starého 2 800 let a osmi divokých koní, kteří žili před 15 000 až 47 000 lety. Výsledky dokazují, že ztráta genetické diverzity u hřebců je přímým důsledkem domestikačního procesu, který začal asi před 5 500 lety. Divocí hřebci měli vysokou úroveň diverzity Y chromozomu, kterou si jakž takž udržel i domestikovaný hřebec, jehož 2 800 let staré kosti byly nalezeny na Sibiři. Další šlechtění koní však genetickou diverzitu snížilo na dnešní úroveň, která je podle vědců prakticky nulová.
