Kdyby se koronavirus nešířil ve městech, pandemie by asi skončila. Vědci to odvodili z tempa mutací
Koronavirus SARS-CoV-2 koloval v čínském městě Wu-chanu zřejmě několik měsíců před prvními známými případy covidu z října 2019. Ale tenkrát, jak plyne z nové studie, ještě neškodil. Pomohlo mu šíření v čínském městském prostředí. Znalost mutací, díky níž to vědci zjistili, je klíčová i v této fázi boje s nemocí.
Lidé jsou neustále pod palbou virů živočišného původu a většinou si toho ani nevšimnou. Vědci z lékařské fakulty v San Diegu v článku z časopisu Science přesvědčivě dokládají, že většina patogenů živočišného původu vymizí dřív, než způsobí pandemii.
Poslechněte si celou Laboratoř o viru, který tu nemusel zůstat, opožděném dozrávání neuronů u člověka a o vlivu dětských skladkostí na učení v dospělosti. Moderuje Martina Mašková
Badatele zajímalo, jak dlouho na podzim 2019 nový koronavirus koloval mezi obyvatelstvem, než se na něj přišlo, a jaké varianty se u něj postupně objevily, když nabíral genetickou diverzitu.
K šíření viru v jeho počátcích přispěl fakt, že se nemoc šířila v čínských městech. Kdyby ho zůstalo málo tak jako na podzim 2019 a nákaza by se šířila spíš na venkově, pandemie by nejspíš po pár dnech skončila.
„Byla to shoda okolností a taky trochu smůla,“ poznamenává molekulární genetik a bioinformatik Jan Pačes. Upozorňuje, že SARS-CoV-2 se šíří hlavně s pomocí takzvaných superpřenašečů, případů, kdy jeden člověk nakazí několik dalších.
Tým ze San Diega se nemohl opřít o utajovaná oficiální čínská data, a tak epidemii zrekonstruoval metodami evoluční genetiky. Šíření viru dokázal popsat zpětně.
Klastry a tržnice
Vědci odhadují, že SARS-CoV-2 v provincii Chu-pej koloval už v půlce dubna 2019, první známé případy nákazy se objevily začátkem listopadu téhož roku. Za nepříliš pravděpodobné označují úvahy, že by se už na jaře 2019 vyskytoval i jinde ve světě.
Čekalo se na ni měsíce, odpovědi na klíčové otázky ale stále chybí. Co přinesla expertní mise ve Wu-chanu?
Číst článek
Místní noviny o novém koronaviru referovaly 17. listopadu 2019. O čtrnáct dní později, v prosinci téhož roku, už bylo ve Wu-chanu devět nakažených, v polovině prosince nemocnice hospitalizovaly první těžší případy.
První skupinové nákazy neboli klastry pocházejí z často zmiňovaného velkoobchodu či tržnice s mořskými plody známé jako Chuanan Seafood Wholesale Market. Počáteční případy na ni ale podle genetiků vazbu neměly.
S tím, jak se virus šíří, postupně nabírá mutace, což se dělo i v počátcích pandemie. Její vývoj vědci popsali zpětně podle tempa mutací.
„Mutační rychlost máme už po roce dobře změřenou, víme, jak dlouho trvá, než se nová mutace uchytí,“ zdůrazňuje Jan Pačes.
Venkovské komunity
Když se ve Wu-chanu v dubnu 2020 místní epidemie dostala relativně pod kontrolu, už bohužel šlo o celosvětovou pandemii. Případy covidu tenkrát hlásilo už více než sto zemí světa. Vědci upozorňují, že k tomu přispěl fakt, že se šířila hlavně ve městech, kde je přenos snazší.
Odborník, který pátral po původu koronaviru: Je přírodního původu, z laboratoře nejspíš neunikl
Číst článek
Simulace pandemie ukázala, že v méně zalidněných venkovských komunitách by virus vymizel dokonce v 94,5 až 99,6 procenta případů. Zooviry mizely dokonce už po osmi dnech. Chybělo tedy málo, aby se současná epidemie zastavila v Číně už ve svých počátcích, aniž by vzbudila pozornost ostatního světa.
Nízká smrtnost
Kdybychom znali dřív původ viru, svět by dokázal reagovat rychleji. Dnes už stačil zmutovat v nakažlivější varianty. „Je to příklad zoocenózy, přenosu, který může kdekoliv vzniknout znovu,“ varuje neurofyziolog František Vyskočil.
K rozšíření nového koronaviru přispělo i to, že hygienici a badatelé se připravovali spíš na agresivnější viry typu SARS/MERS. Místo toho svět zaskočil virus méně nebezpečný, s poměrně nízkou smrtností.
„Třeba původní virus SARS byl tak nebezpečný, že jsme na něj dali pozor a dokázali jsme se ho zbavit,“ říká Jan Pačes. Podobné to podle něj bylo u nákazy typu MERS nebo u eboly.
Mutace, které pomohly americkým vědcům zpětně zrekonstruovat počátky šíření koronaviru, jsou klíčové i v aktuální fázi pandemie. Jejich znalost totiž může pomoci státu řídit pandemická opatření.
„Dokážeme přečíst tisíce genomů pacientů týdně,“ vysvětluje Jan Pačes. Celosvětově se podle něj čtou neboli sekvenují mutace u milionů pacientů. Virus má totiž naštěstí krátkou genetickou informaci o 30 tisících písmenech.
„Doteď měl virus volné pole působnosti, ať si pořídil kteroukoliv mutaci,“ zdůrazňuje
Jan Pačes, který se tvorbě databází koronavirových mutací aktivně věnuje.
Virus mutuje, zvláště když se ocitá pod tlakem. Ten na něj vyvíjíme prostřednictvím očkování a pandemických opatření. Roste také počet lidí, kteří už covid prodělali.
Poslechněte si celou Laboratoř o viru, který tu nemusel zůstat, opožděném dozrávání neuronů u člověka a o vlivu dětských sladkostí na učení v dospělosti. Debatují molekulární genetik a bioinformatik Jan Pačes, neurofyziolog František Vyskočil a herečka Zuzana Vejvodová.
